Leyendas Pokémon: Z-A incorporará a Mewtwo, junto con sus poderosas megaevoluciones Mega-Mewtwo X y Mega-Mewtwo Y. Los jugadores podrán conseguir a Mewtwo completando una misión secundaria específica dentro del juego. Además, se ha anunciado un nuevo evento de Regalo Misterioso que se centrará en Mega-Mewtwo, ofreciendo otra vía para obtener a este legendario Pokémon.